TP Bioinformatique

Analyse Fonctionnelle d'une famille de protéines

Durée approximative: 6H
V.2005.1  D. Gautheret

Objectifs

Réaliser l'analyse fonctionnelle détaillée d'une famille de protéines, exclusivement à l'aide d'outils Internet:

Le protocole implémenté s'approche de celui recommandé par Bork et Koonin (Nature genetics, 1998, 18, 313). Vous devez trouver les sites web vous-même en vous aidant des pointeurs donnés en cours ou des moteurs génériques (Google, etc.)

Protéine Proposée:

DNA fragmentation factor alpha subunit (humain). 331 aa. On étudiera particulièrement le domaine CIDE-N.

Conseils Généraux


a) Récupération de la séquence

b) Eléments structuraux

Il s'agit ici de prendre différentes précautions avant la recherche d'homologues, afin de repérer les régions susceptibles d'interférer avec les véritables homologies.

c) Identification de domaines/motifs connus.

Première approche pour l'identification des domaines et/ou motifs fonctionnels de la protéine: la recherche dans les banques de motifs et de domaines.

d) Recherche d'homologues

e) Alignement multiple et arbre

f) Validation 3D

g) Rapport