Reconstruction d'un gène à partir d'un fragment
génomique contigü de
chromosome humain.
Nous réaliserons, exclusivement au moyen d'outils disponibles
sur
Internet, le travail suivant:
IMPORTANT: conserver les principaux résultats intermediaires: sorties des programmes utilisés, mais n'insérer dans le rapport que des extraits réellement utiles et courts.
Un fragment de génome humain sera récupéré à partir du serveur ENSEMBL et sauvegardé au format Fasta.
Pour un bon résultat du TP, le gène sera choisi selon les critères suivants:
* A la fin de cette étape, vous devez disposer:
Nous utiliserons les deux grandes approches à
l'identification de
gène(s):
Avec un programme
automatique
On utilise plutôt cette méthode
lorsque le
gène n'a aucun homologue connu. Nous utiliserons GENSCAN. A vous
de le
trouver sur le Web - Il faudra copier/coller la séquence.
- Sauvegardez les résultats. Préparez un schéma
avec promoteur, exons,
introns, et tous les signaux identifiés par Genscan.
Par homologie
A l'aide des résultats ci-dessus replacez le transcrit complet sur
le chromosome, ainsi que la partie codante. Aidez-vous de la représentation
des cadres de lectures fournies par le programme "showorf" de la suite Emboss
(à trouver via Google).
A la fin de cette étape, vous aurez
A partir de la comparaison contig / EST par Blast:
Les EST sont des séquences obtenues à partir d'ARNm matures. Si le messager existe sous plusieurs formes, les formes alternatives apparaissent souvent dans les EST. On visualise assez bien ces formes à l'aide de la sortie graphique de Blast au NCBI.
L'origine tissulaire des EST est toujours indiquée lors de
la
soumission de la séquence. Retrouvez dans les fiches Genbank des
EST
l'information tissulaire, et recensez les tissus où votre
gène est
exprimé.
Attention: Un comptage direct des EST est insuffisant pour
déterminer
si un gène est exprimé préférentiellement
dans un tissu. En effet, la
taille et le mode de séquencage des bibliothèques d'EST
sont la cause
de sérieux biais. Par exemple, certaines bibliothèques de
foie
contiennent plusieurs dizaines de milliers d'EST, alors que d'autres
n'en contiennent que 10. Observer un plus grand nombre d'EST dans le
foie n'est donc pas forcément un signe que le gène y est
plus exprimé.
Pour connaitre la taille des bibliothèques de cDNA, se
réferer au
serveur Web du NCBI. Attention aussi au mode d'obtention des EST
(normalisé, non-normalisé).
Rapport synthétique sur le travail
réalisé. 4 pages max.
Option: ce rapport peut être réalisé en
hypertexte avec lien sur les
sites Web etc. A mettre ensuite sur votre site Web et citer dans votre
CV comme preuve de savoir faire.