L'homologie de séquence

Homologie = parenté. On parle d'homologie pour 2 objets ayant évolué à partir du même ancêtre commun.

On est homologue ou on ne l'est pas
On ne dit pas: "très homologue", "faible homologie", etc.
On parle dans ce cas de similitude ("très similaire", etc.).

A quel point des séquences homologues se ressemblent-elles?

• De 100% à quelques nucléotides/aminoacides en commun.
• Il n'y a pas vraiment de limite, mais en dessous de 20-25% (twilight zone), il devient très difficile de distinguer une homologie d'une ressemblance fortuite
• Pourtant, des séquence sans ressemblance apparente peuvent parfaitement être homologues (on le retrouve par ex. au niveau 3D)
• Par contre, étant donné la dimension de l'espace des séquences possibles, une ressemblance importante est généralement interprétée comme une homologie, et non pas comme une évolution convergente.

Comment observer une homologie?

On peut distinguer 3 approches:

• La comparaison de séquences 2 à 2.

  C'est la méthode principale. La comparaison de séquence permet d'observer les régions conservées. On déduit l'homologie de la conservation.

• La recherche de domaines communs (utilisation des banques de domaines: Prodom, Blocks)
• La recherche de motifs communs (utilisation de la banque de motifs: Prosite)